Peu importe la taille de votre entreprise, la gestion de la paie est une étape incontournable mais aussi souvent fastidieuse. Ainsi, dès lors que votre entreprise compte un ou plusieurs salariés, vous avez tout intérêt à utiliser un logiciel de paie pour simplifier l’élaboration de la paie et la production des bulletins de salaire en interne, de façon conforme et fiable. Mais quel logiciel de paie choisir ?
Voici notre sélection des meilleurs logiciels de paie en 2025 :
- Payfit – Paie et RH pour TPE-PME dès 1 salarié
- Malibou – Paie et RH dès 5 salariés, toutes CCN couvertes
- Kelio – Paie pour les entreprises de 10 à 150 salariés, 120 CCN couvertes
- Cegid Payroll Ultimate – Pour PME-ETI avec environnements complexes et multi-sites
- Sage Business Cloud Paie – Paie en ligne jusqu’à 100 salariés
- macompta.fr – Paie et comptabilité jusqu’à 20 salariés
- Fiche-Paie.net – Paie en ligne à partir de 1 bulletin, +1 000 CCN couvertes
- My Silae – Paie et RH pour les TPE-PME et ETI, 900 CCN couvertes
Comment choisir un logiciel de paie ?
Le choix de votre logiciel de paie ne doit pas être pris à la légère. Pour vous aider à faire le choix le plus pertinent pour votre structure, voici les critères principaux qui doivent retenir votre attention.
La taille de votre entreprise, le nombre d’utilisateurs et le nombre de salariés
Selon la taille de votre entreprise, et plus précisément le nombre de salariés pour lesquels vous gérez la paie, vos besoins et vos attentes liés à votre logiciel de paie diffèrent. Une TPE avec une poignée de salariés n’a bien évidemment ni les mêmes besoins ni les mêmes ressources pour gérer la paie qu’une moyenne entreprise.
Certains logiciels sont donc parfaitement adaptés aux TPE qui ne bénéficient pas d’expertise en paie en interne. Si vous êtes une entreprise ou une association comptant jusqu’à 20 salariés, vous pouvez regarder du côté de macompta.fr, un logiciel particulièrement accessible. Vous embauchez votre premier salarié ? Payfit est souvent conseillée pour centraliser votre gestion RH et paie sur un outil facile à prendre en main. D’autres logiciels plus complets, comme Malibou ou Kelio, viennent répondre aux besoins plus complexes des PME. Le premier gère la paie des entreprises dès 5 salariés alors que le second accepte les structures entre 10 et 150 collaborateurs.
Il existe aussi des outils adressant mieux les exigences des PME ou ETI avec des besoins avancés de personnalisation ou d’automatisation. Dans ces cas-là, nous recommandons My Silae ou Cegid Payroll Ultimate.
Vous manquez de ressource en interne pour gérer la paie ? Sachez que des outils comme My Silae ou Kelio proposent aussi d’externaliser entièrement ou partiellement la gestion de la paie. Une solution idéale si vous souhaitez vous délester de cette tâche.
Enfin, pensez à vérifier le nombre de salariés/de fiches de paie comprises dans l’offre. Même si votre entreprise ne compte que 5 salariés à ce jour, elle devrait (on vous le souhaite !) grandir. Regardez aussi les offres supérieures et le nombre de fiches de paie incluses pour vous éviter d’avoir à changer de logiciel de paie dans quelque temps. Certains logiciels imposent en effet des restrictions sur le nombre de collaborateurs (100 salariés chez Sage Business Cloud Paie, 20 salariés chez macompta.fr, etc.).
Les fonctionnalités
Commencez par vérifier que les fonctionnalités de base sont bien présentes dans l’offre proposée. Elles sont indispensables pour une bonne gestion de la paie :
- création, saisie et dématérialisation des fiches de paie en prenant en compte différents paramètres (heures supplémentaires, congés payés, primes, prélèvement à la source, etc.) ;
- création de documents administratifs RH ;
- stockage et archivage des fiches de paie et autres documents RH ;
- paiement des salaires et des cotisations sociales ;
- réalisation des déclarations annuelles des données sociales (DADS) et des déclarations sociales nominatives (DSN) ;
- tenue d’un registre du personnel ;
- gestion des tableaux de bord et export de données ;
- intégration automatique des écritures comptables.
Ensuite, vous pouvez comparer les autres fonctionnalités présentes. Alors que certains se concentrent uniquement sur la paie comme Fiche-Paie.net, d’autres sont des logiciels RH plus complets, comme Malibou, et incluent des modules dédiés à la gestion du temps, au recrutement ou encore à la formation. Ils permettent de centraliser toute votre gestion RH sur un outil unique, mais sont aussi plus complexes à prendre en main.
Il est donc impératif de bien comprendre vos processus actuels et identifier vos besoins pour faire un choix pertinent.
Si vous cherchez un outil uniquement pour éditer vos bulletins de paie, alors Fiche-Paie.net est sûrement le meilleur rapport qualité/prix du marché. Toutefois, opter pour un logiciel RH complet, qui intègre aussi des fonctionnalités utiles à la gestion des équipes (ex : gestion des notes de frais, gestion des congés, gestion du temps de travail), comme Payfit, peut être un vrai plus pour certaines entreprises.
Focus sur la DSN : choisir un logiciel de paie compatible
Obligatoire depuis le 1er janvier 2017, la DSN est un document qui regroupe plusieurs données sociales propres à l’entreprise. Elle vient remplacer à la fois les déclarations sociales mensuelles ou trimestrielles mais aussi la fameuse DADS-U.
La DSN ne remplace pas moins de 30 déclarations !
En choisissant un logiciel de paie compatible DSN, vous vous assurez de générer votre DSN et de la transmettre rapidement en quelques clics. Grâce à ce type de logiciel et aux paramétrages effectués en amont, votre DSN est conforme à la réglementation sociale et respecte un format bien spécifique : la norme NEODES (Norme d’Échanges Optimisée des Données Sociales). Vos échanges avec les administrations sont fluides, sécurisés et centralisés sur une seule et même plateforme.
Pas d’inquiétude : tous les logiciels de notre sélection sont compatibles avec la DSN. Cela signifie qu’ils sont en mesure de générer votre DSN automatiquement et vous permettent de la transmettre chaque mois en un clic. Pratique !
L’utilisation et le support
Si vous choisissez de prendre un outil de gestion de la paie, c’est avant tout pour gagner du temps et automatiser des tâches. Il faut donc absolument opter pour une solution moderne, simple à prendre en main et à utiliser.
Le mieux pour se faire une idée reste de demander une démonstration, comme le propose Payfit, ou de tester directement la solution lorsqu’un essai gratuit est disponible, comme chez macompta.fr et son essai gratuit pendant 30 jours.
Ensuite, la qualité du support et de l’accompagnement est un élément clé de la bonne prise en main d’un logiciel de paie. Renseignez-vous sur la phase d’implémentation de la solution et vérifiez si la formation et le support sont inclus. Veillez aussi à évaluer la disponibilité du service client.
À titre d’exemple, My Silae assure une assistance en ligne 24h/24, Malibou fournit un accompagnement par un expert paie dédié et Sage Business Cloud Paie propose un support par mail, téléphone ou chat dans votre espace client MySage.
La conformité avec la loi et les normes en vigueur
Votre logiciel doit être en mesure de s’adapter automatiquement à toute évolution réglementaire au plus vite, afin de respecter le cadre prévu par la législation. Mais ce n’est pas tout : il devra aussi s’adapter à des modifications au niveau de votre convention collective (d’où l’importance de sa flexibilité), à des changements des taux de cotisations ou encore à de nouvelles réformes de l’État.
Cela vous évite de devoir faire de la veille juridique… et de la décrypter !
Toutes les conventions collectives ne sont pas forcément prises en charge par chaque logiciel (ex : celles du BTP). Renseignez-vous bien sur ce point. Dans notre sélection, Malibou accepte toutes les CCN et environ 1 000 CCN sont prises en charge par Fiche-paie.net et My Silae. À vous de voir, selon votre convention collective et le nombre de salariés gérés par la solution, laquelle convient le mieux à votre situation.
La sécurité et l’hébergement des données
La question de la sécurité est primordiale. Vous allez manipuler les données personnelles de vos salariés, vous devez donc vous assurer que l’outil de votre choix va en assurer une totale protection. Y compris en cas de piratage et de pertes de données. On vous recommande de porter une attention particulière à la fréquence des sauvegardes effectuées : plus elles sont régulières, mieux c’est.
N’oubliez pas aussi de contrôler que l’hébergement de vos données est sécurisé.
Si c’est important pour vous, Cegid Payroll Ultimate est particulièrement performant à ce sujet.
À ce propos, sachez que les logiciels de fiches de paie en ligne de notre sélection sont dans l’obligation de respecter des standards extrêmement exigeants en matière de protection des données, de confidentialité et de sécurité.
Enfin, vérifiez que le processus de récupération de vos données est simple, rapide et efficace. Si jamais vous devez les migrer ou souhaitez changer de logiciel de paie à l’avenir, c’est toujours un plus appréciable.
Le budget
Notez que la question du prix d’un logiciel de paie est le dernier critère que nous avons listé et c’est toujours une question délicate à évoquer. Le coût d’un logiciel de paie varie selon plusieurs facteurs :
- l’éditeur et la grille tarifaire qu’il propose ;
- les fonctionnalités incluses ;
- le niveau d’accompagnement ;
- le nombre de fiches de paie chaque mois.
Certains logiciels facturent un forfait par tranche de nombre de fiches de paie à créer. C’est le cas de macompta.fr. D’autres, comme Payfit ou Sage Business Cloud Paie, appliquent un abonnement mensuel ainsi qu’un tarif par bulletin. Des outils comme Fiche-Paie.net facturent un coût variable en fonction du nombre de bulletins à créer alors que Malibou affiche un tarif fixe par collaborateur.
Aussi, tous ne communiquent pas leur grille tarifaire. Il faut passer par une demande de devis auprès de Kelio notamment.
Concrètement, comptez entre 20 et 30€ par mois pour créer une fiche de paie avec un outil dédié, comme Sage Business Cloud Paie ou macompta.fr. Mais bien souvent, plus vous créez de fiche de paie, plus le tarif par collaborateur est dégressif et donc intéressant.
L’exception, c’est Fiche-Paie.net avec ses tarifs très compétitifs. Le prix d’un bulletin de paie ne dépasse 10€, voire nettement moins si vous optez pour l’abonnement ou créer plus d’une fiche de paie.
Si vous voulez inclure des fonctions RH, le tarif par collaborateur est un peu plus élevé si vous ne comptez que quelques collaborateurs. Mais une solution comme Payfit devient vraiment rentable dès lors que vous comptez une dizaine de salariés, avec un prix par salarié de moins de 30€/mois pour une solution complète RH et paie.
Il est donc presque impossible de donner un tarif moyen pour un logiciel de paie. Nous vous conseillons plutôt de raisonner en termes de temps gagné et de profondeur fonctionnelle. À tarif équivalent, un logiciel de paie peut être très pertinent pour vous et pas du tout pour une autre entreprise. Le prix est donc un élément à prendre en compte, mais ce n’est pas le critère de choix principal.
Les avantages d’un logiciel de paie
Le traitement et la gestion de la paie constituent une tâche à la fois complexe et chronophage pour une entreprise. Un logiciel adapté à vos besoins facilite votre quotidien, tout en simplifiant vos démarches administratives. Il vous procure plusieurs avantages majeurs :
- Gain de temps : grâce aux nombreuses automatisations, la majorité des tâches liées à la gestion de la paie s’effectue en quelques clics.
- Centralisation des données : tous les documents sont conservés sur un même serveur, au sein d’une base de données sécurisée, limitant les risques de perte de fichiers.
- Analyse et reporting : la plupart des logiciels donnent accès à des données statistiques et à des outils de reporting pour vous permettre de suivre et contrôler vos données sociales. Et tout est disponible 7j/7, 24h/24h.
- Conformité à la réglementation en vigueur : un logiciel de paie en ligne effectue toute la veille à votre place et se met à jour automatiquement en fonction de l’évolution des dispositifs légaux.
- Réduction des erreurs : une solution de paie vous évite de nombreuses erreurs dans la création d’une fiche de paie, que vous pouvez fréquemment rencontrer en utilisant d’autres outils “manuels”, comme un tableur Excel.
- Diminution des coûts : en gagnant du temps sur vos tâches administratives, vous pouvez allouer vos ressources humaines sur des tâches à plus forte valeur ajoutée, afin de réaliser des économies financières et maximiser votre retour sur investissement.
Il faut savoir qu’une erreur dans le traitement des salaires peut vous coûter cher financièrement en cas de contrôle par l’Urssaf (amendes, redressements, dommages et intérêts, etc.). Sans oublier les litiges prud’homaux qui y sont liés, ainsi que l’impact négatif que cela peut engendrer sur votre réputation et votre image de marque.
Adopter un logiciel de paie, c’est moderniser sa gestion administrative et humaine, gagner en efficacité et offrir une meilleure expérience à toute l’entreprise. Un véritable levier de performance au quotidien.