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Dernière mise à jour : Juin 2025

Les meilleurs logiciels de comptabilité en 2025

Découvrez notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité et retrouvez nos conseils d'expert pour faire le bon choix.
1
15 jours gratuits + Sans engagement

Pennylane

pennylane-logo
  • Plateforme tout-en-un de comptabilité
  • Suivi et prévisionnel trésorerie intuitif
  • Facturation et relances clients intégrées
  • Compte pro en ligne intégré
  • 200+ intégrations
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,7
Voir l'offre
pennylane.com
2
30 jours gratuits + Sans engagement

Sage 50

  • Outil modulable et personnalisable
  • Adapté multidépôts et stocks complexes
  • Gestion complète du cycle de vente
  • Reporting avancé et précis
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,5
Voir l'offre
sage.com
3
15 jours gratuits + Jusqu'à -120€ annuel

Indy

indy
  • Déclarations automatisées
  • Interface simple et intuitive en ligne
  • Compte pro en ligne inclus
  • Formule 100% gratuite
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,5
Voir l'offre
indy.fr
4

Cegid Comptabilité

  • Solution complète pour TPE/PME
  • Gain de temps grâce aux automatisations
  • Comptabilité analytique avancée
  • Assistance disponible 24h/24
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,4
Voir l'offre
cegid.com
5

Axonaut

axonaut-logo
  • Comptabilité, Facturation & CRM
  • Tableaux de bord clairs et dynamiques
  • Prévisionnel de trésorerie performant
  • Support technique illimité et en France
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,4
Voir l'offre
axonaut.com
6

EBP Comptabilité

  • Gestion analytique et budgétaire intégrée
  • Entièrement modulable selon l’activité
  • Disponible en ligne ou en local
  • Utilisation très fluide
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,3
Voir l'offre
ebp.com
7

Abby

abby-logo
  • Formule gratuite pour auto-entrepreneur
  • Déclarations URSSAF & fiscales automatisées
  • Interface épurée et ultra intuitive
  • Noté 4,9/5 sur Google
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,4
Voir l'offre
abby.fr
8

Sage Active

  • Comptabilité, Facturation & Ventes
  • Assistant IA Sage Copilot performant
  • Nombreuses automatisations
  • Assistance au démarrage
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,2
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sage.com
9

macompta.fr

  • Idéal pour les novices en comptabilité
  • Personnalisations et modules métiers
  • Tarification claire, sans frais cachés
  • Module paie en option
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,1
Voir l'offre
macompta.fr
10

Sellsy

sellsy-logo
  • Suite facturation & CRM unifiée
  • Très complet pour les TPE/PME
  • Nombreuses intégrations
  • Gestion multidevises
  • Voir toutes les fonctionnalités
9
Voir l'offre
go.sellsy.com

Tâche chronophage et pourtant indispensable des indépendants et entrepreneurs, la comptabilité peut être gérée en toute autonomie (ou presque) grâce aux logiciels de comptabilité. Ces outils modernes et performants sont de plus en plus nombreux sur le marché et apportent de multiples avantages. Vous ne savez pas lequel choisir ?

Voici notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité en ligne et notre guide pour vous aider à faire votre choix.

  • Pennylane – Le meilleur pour les entreprises aux nombreux flux financiers
  • Sage 50 – Le meilleur pour les indépendants et TPE qui gèrent du stock
  • Indy – Le meilleur pour les libéraux et prestataires de services
  • Cegid Comptabilité – Le meilleur pour ses nombreuses automatisations
  • Axonaut – Le meilleur pour centraliser sa gestion
  • EBP Comptabilité – Le meilleur pour son degré de personnalisation
  • Abby – Le meilleur pour les micro-entrepreneurs
  • Sage Active – Le meilleur pour allier facturation et comptabilité
  • macompta.fr – Le meilleur pour les débutants en comptabilité
  • Sellsy – Le meilleur pour associer une gestion de la relation client avancée

Comment choisir un logiciel de comptabilité ?

Entre toutes les solutions du marché, il n’est pas facile de savoir quel logiciel de comptabilité choisir pour votre activité et vos besoins. Pour vous aider à y voir plus clair, voici les critères de choix essentiels.

Le statut juridique

Premier critère, votre statut juridique. Le statut à un impact direct sur vos obligations comptables, et surtout la difficulté que vous aurez à tenir votre comptabilité vous-même. Les professions libérales, les auto-entrepreneurs, les associations n’ont en effet pas les mêmes obligations comptables que les entreprises (en SASU/SAS, EURL/SARL), et les fonctionnalités des logiciels de comptabilité doivent s’adapter à ces obligations. Votre statut juridique est donc un critère de choix primordial.

Certains logiciels couvrent tous les statuts, comme Pennylane ou Sage 50. Si vous êtes auto-entrepreneur, Abby est particulièrement adapté. Une TPE ou PME se tournera plutôt vers Cegid Comptabilité. Les indépendants et entreprises avec une activité libérale ou de service peuvent choisir Indy.

La taille de votre entreprise

La taille de votre entreprise aura une influence sur le choix de votre logiciel de comptabilité, puisque d’elle, vont souvent dépendre :

  • les ressources dont vous disposez pour gérer la comptabilité (expert-comptable ou non, collaborateurs) ;
  • le volume d’activité : chiffre d’affaires, nombre de fournisseurs ou de clients, volume d’opérations et transactions ou encore nombre d’employés impactent la quantité de travail en comptabilité.

Une grande entreprise pourra avoir besoin d’intégrations ou de développement sur-mesure, tandis que les TPE trouveront plus facilement un logiciel adapté.

Enfin, le secteur d’activité aura lui aussi des conséquences sur votre choix. Vous gérez une boutique en ligne et avez beaucoup de flux ? Il faudra privilégier un logiciel avec connexion bancaire et connexion à vos outils tiers (logiciel CRM, systèmes de paiement, etc.) comme Pennylane. Vous gérez un commerce ou un restaurant ? Il faudra un logiciel connecté à votre logiciel de caisse. Vous êtes dans le BTP ? Envisagez un logiciel avec des spécificités métiers (suivi des temps, suivi de chantier, suivi des matériaux).

Les fonctionnalités

Bien évidemment, la profondeur fonctionnelle est un critère de choix majeur. La liste des fonctionnalités de chaque logiciel varie sensiblement, mais on retrouve généralement les suivantes :

  • création d’un plan comptable et des journaux ;
  • connexion ou synchronisation d’un ou plusieurs comptes bancaires ;
  • saisie comptable et affectation des opérations ;
  • gestion de la TVA ;
  • export du Fichier des Écritures Comptables ;
  • accès pour un expert-comptable ;
  • devis et factures de vente ;
  • gestion des notes de frais.

Vient ensuite la possibilité d’éditer la liasse fiscale, bilan, compte de résultat et livres comptables obligatoires (livre-journal et grand livre) directement, qui intéressera essentiellement les entreprises qui gèrent leur comptabilité en interne. Dans ce cas, il faut choisir un outil comme Sage 50, macompta.fr ou Indy. Si vous faites appel à un expert-comptable, un logiciel qui prépare votre comptabilité est suffisant (Axonaut, Sage Active ou Sellsy par exemple).

Enfin, aux côtés des fonctionnalités comptables, certains incluent également d’autres fonctionnalités ou modules complémentaires pour devenir des solutions de gestion plus complètes. C’est principalement ce qui va les différencier. La plupart dispose d’un module de facturation. Mais vous pouvez aussi avoir besoin de suivre vos finances et votre trésorerie (EBP Comptabilité), gérer vos stocks (Sage 50 ou Axonaut), centraliser votre relation client (Sellsy), profiter d’un compte pro en ligne (Indy), etc.

Réfléchissez donc bien à l’étendue de vos besoins actuels et à venir avant de vous lancer définitivement sur une solution.

L’ergonomie et la simplicité d’utilisation

Le logiciel de comptabilité que vous aurez choisi doit impérativement être rapide à prendre en main et simple à utiliser, au risque de perdre plus de temps que d’en gagner dans votre gestion comptable ! Certains éditeurs proposent une formule gratuite, qui vous permet de découvrir l’interface et tester quelques fonctionnalités. La plupart des logiciels peuvent également être essayés gratuitement pendant un temps limité (15 jours chez Pennylane ou même 30 jours chez Sage Active par exemple). C’est le meilleur moyen de savoir si cette solution vous convient.

Pensez aussi à vérifier l’assistance disponible. Vous pouvez par exemple bénéficier d’une assistance 24h/24 avec Cegid Comptabilité. D’autres éditeurs ont un service support disponible par chat et/ou téléphone. C’est un point important et qui peut permettre de faire pencher la balance pour l’une ou l’autre de ces solutions.

Le rapport qualité/prix

Le budget est souvent considéré comme le critère de choix principal d’un logiciel (de comptabilité ou non d’ailleurs) pour beaucoup d’entre vous. Ceci dit, nous pensons sincèrement que la question du budget doit être abordée sur un angle plus large que simplement avec l’objectif de chercher un logiciel de comptabilité pas cher, voire gratuit. L’équation n’est pas si simple, entre le prix du logiciel et le temps passé à l’utiliser.

La question à vous poser est plutôt de savoir combien vaut votre temps d’entrepreneur, de freelance, de profession libérale. Si vous prenez un logiciel de comptabilité gratuit, mais que vous devez y passer 2 jours par mois, combien seriez-vous prêt à payer pour n’y passer que 2 heures par mois ? Et la question reste la même si vous hésitez entre un logiciel à 30 € par mois et un logiciel à 10 € par mois.

Lors du choix de votre logiciel de comptabilité, retenez que :

  • les logiciels de comptabilité gratuits ne sont pas forcément les solutions les plus pérennes (mises à jour, limites d’utilisation, etc) ;
  • ces logiciels ne sont pas toujours 100% gratuits (et souvent limités) ;
  • est-ce qu’un logiciel gratuit est capable de vous accompagner dans votre croissance ?
  • les logiciels payants sont souvent plus avancés techniquement, et font gagner davantage de temps sur votre comptabilité.

Tenez compte de ces éléments lorsqu’il s’agit d’utiliser notre comparatif des logiciels de comptabilité, et ne comparez pas que le prix.

Le stockage des données et la sécurité

On aborde maintenant un critère très important : la sécurité et le stockage des données (les vôtres et celles de vos clients). Assurez-vous que le logiciel de votre choix respecte les règles de confidentialité, tout en vous permettant de récupérer vos données, si besoin.

De ce côté-là, pas de panique : les logiciels de comptabilité en ligne sont dans l’obligation de respecter des standards extrêmement exigeants en matière de protection des données, de confidentialité et de sécurité. Certains logiciels proposent une page dédiée à la sécurité, afin de rassurer leurs futurs clients : ne vous privez pas de la consulter. Vous pouvez aussi vous renseigner sur la disponibilité de vos données et leur sauvegarde (plus elles sont régulières, mieux c’est) auprès du service client. Enfin, vérifiez que toutes les informations que vous envoyez soient bien cryptées. Encore une fois, les logiciels en ligne sont très souvent transparents et efficaces là-dessus.

Quant au stockage des données, c’est un éternel débat. Faut-il privilégier un outil dont le stockage des données est en Europe ? À vous de décider.

Les avantages d’un logiciel de comptabilité

Voici les 5 principaux avantages à utiliser un logiciel pour faire votre comptabilité :

  1. Efficacité et gain de temps : l’automatisation des tâches de saisie comptable et de récolte des justificatifs, mais aussi la gestion de la TVA ou encore des factures vous fera gagner beaucoup de temps, à vous et à votre expert-comptable.
  2. Moins de risques d’erreurs : l’utilisation d’un logiciel diminue fortement le risque de pertes de données et d’erreurs (doublons, mauvaises saisies) grâce aux calculs automatiques et aux alertes en cas d’anomalie. Il vous permet d’être en conformité avec la réglementation en vigueur.
  3. Conformité légale et fiscale : les logiciels comptables sont régulièrement mis à jour en fonction des obligations légales et fiscales. Vous avez donc la garantie de tenir une comptabilité conforme et d’être mieux préparer en cas de contrôle fiscal.
  4. Pilotage de votre activité : les outils de suivi, tableaux de bord et indicateurs financiers vous permettent de mieux piloter votre activité en temps réel, et sont ainsi un précieux allié dans la gestion quotidienne de votre activité.
  5. Collaboration : que votre comptabilité soit internalisée ou externalisée, les logiciels de comptabilité vous permettent de centraliser les données. La répartition des tâches et la collaboration en sont ainsi facilitées.

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