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Dernière mise à jour : Juin 2025

Les meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur en 2025

Découvrez notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité pour micro-entreprise et retrouvez nos conseils d'expert pour faire le bon choix.
1
14 jours gratuits + Jusqu'à -21% annuel

Abby

abby-logo
  • Gestion d'auto-entreprise complète
  • Déclarations Urssaf automatisées
  • Version 100% gratuite et illimitée
  • Interface épurée et ultra intuitive
  • Noté 4,9/5 sur Google
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,7
Voir l'offre
abby.fr
2
30 jours gratuits + Jusqu'à -48€ annuel

Indy

indy
  • Déclarations automatisées et simples
  • Interface simple et intuitive en ligne
  • Compte pro en ligne inclus
  • Formule 100% gratuite
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,6
Voir l'offre
indy.fr
3
15 jours gratuits + Sans engagement

Pennylane

pennylane-logo
  • Plateforme de compta et facturation
  • Suivi et prévisionnel trésorerie intuitif
  • Facturation et relances clients incluses
  • Compte pro en ligne intégré
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,4
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pennylane.com
4

Axonaut

axonaut-logo
  • Comptabilité, Facturation & CRM
  • Tableaux de bord clairs et dynamiques
  • Relances automatiques des impayés
  • Support technique illimité et en France
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,3
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axonaut.com
5

Sage 50

  • Outil modulable et personnalisable
  • Gestion complète du cycle de vente
  • Reporting avancé et précis
  • Gestion des stocks incluse
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,5
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sage.com
6

macompta.fr

  • Idéal pour les novices en comptabilité
  • Personnalisations et modules métiers
  • Tarification claire, sans frais cachés
  • Assistance réactive par chat et téléphone
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,4
Voir l'offre
macompta.fr
7

Evoliz

  • Préparation intuitive de la comptabilité
  • Module de facturation très complet
  • Simple et accessible par tous
  • Certifié NF203 et NF525
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,2
Voir l'offre
evoliz.com
8

Tiime

tiime
  • Fonctionnalités de facturation très avancées
  • Collaboration expert-comptable facilitée
  • Registre généré automatiquement
  • Suivi de trésorerie performant
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,2
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tiime.fr
9

Sage Active

  • Comptabilité, Facturation & Ventes
  • Assistant IA Sage Copilot performant
  • Nombreuses automatisations
  • Assistance au démarrage
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,3
Voir l'offre
sage.com
10

Freebe

  • Livre des recettes généré en temps réel
  • Contrôle des plafonds de la micro-entreprise
  • Déclarations Urssaf automatisées
  • Pensé et conçu pour les freelances
  • Voir toutes les fonctionnalités
9,4
Voir l'offre
freebe.me

Tâche chronophage et pourtant indispensable des micro-entreprises, la comptabilité peut être gérée en toute autonomie grâce aux logiciels de comptabilité. Ces outils modernes et performants sont de plus en plus nombreux sur le marché et apportent de multiples avantages aux auto-entrepreneurs. Vous ne savez pas lequel choisir ?

Voici notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur et notre guide pour vous aider à faire votre choix.

  • Abby – Le meilleur pour son offre complète et adaptée
  • Indy – Le meilleur pour les libéraux et prestataires de services
  • Pennylane – Le meilleur pour gérer de nombreux flux financiers
  • Axonaut – Le meilleur pour son CRM intégré
  • Sage 50 – Le meilleur pour ceux qui gèrent du stock
  • macompta.fr – Le meilleur pour les débutants en comptabilité
  • Evoliz – Le meilleur pour son module de facturation
  • Tiime – Le meilleur pour centraliser sa gestion
  • Sage Active – Le meilleur pour ses fonctions d’IA
  • Freebe – Le meilleur pour les freelances

Comment choisir un logiciel de comptabilité ?

Entre toutes les solutions du marché, il n’est pas facile de savoir quel logiciel de comptabilité choisir pour votre micro-entreprise. Pour vous aider à y voir plus clair, voici les critères de choix essentiels.

Les fonctionnalités

C’est certainement le plus important et l’un des premiers critères pour choisir un logiciel de comptabilité pour sa micro-entreprise. Vous devez alors vous poser une première question : souhaitez-vous un logiciel purement comptable ou un outil de gestion plus complet ?

Tous les logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur vous permettent d’éditer des devis et factures, de suivre les paiements, de générer les livres de recettes et de dépenses. Selon les outils, on peut aussi trouver des fonctionnalités intéressantes, comme un compte pro (avec Indy ou Pennylane), le contrôle des plafonds de la micro-entreprise (avec Abby) ou encore la gestion des stocks (avec Sage 50).

Ensuite, certains vont plus loin avec des fonctionnalités de gestion plus avancées, notamment liées à la gestion de la relation client, à la facturation, voire même des outils marketing.

Si votre objectif est de minimiser le temps passé sur les tâches administratives, choisissez le logiciel le plus complet possible, comme Abby. Listez aussi les fonctionnalités auxquelles vous souhaitez accéder, telles que la gestion client (Axonaut est particulièrement performant), la déclaration URSAFF automatisée (comme Freebe), la synchronisation bancaire ou un compte pro (comme avec Indy), et sélectionnez les outils qui vous le permettent.

Réfléchissez donc bien à l’étendue de vos besoins actuels et à venir avant de vous lancer définitivement sur une solution.

L’ergonomie et la simplicité d’utilisation

À l’image de macompta.fr, le logiciel de comptabilité que vous aurez choisi doit impérativement être rapide à prendre en main et simple à utiliser, au risque de perdre plus de temps que d’en gagner dans votre gestion comptable ! Certains éditeurs proposent une formule gratuite, qui vous permet de découvrir l’interface et tester quelques fonctionnalités. La plupart des logiciels peuvent également être essayés gratuitement pendant un temps limité (15 jours chez Pennylane ou même 30 jours chez Indy par exemple).

C’est le meilleur moyen de savoir si cette solution vous convient.

Pensez aussi à vérifier l’assistance disponible. Vous pouvez par exemple bénéficier d’une assistance au démarrage avec Sage Active. D’autres éditeurs ont un service support disponible par chat et/ou téléphone. C’est un point important et qui peut permettre de faire pencher la balance pour l’une ou l’autre de ces solutions.

Le rapport qualité/prix

Le budget est souvent considéré comme le critère de choix principal d’un logiciel (de comptabilité ou non d’ailleurs) pour beaucoup d’entre vous. Ceci dit, nous pensons sincèrement que la question du budget doit être abordée sur un angle plus large que simplement avec l’objectif de chercher un logiciel de comptabilité pas cher, voire gratuit. L’équation n’est pas si simple, entre le prix du logiciel et le temps passé à l’utiliser.

On trouve des outils gratuits, ou avec une formule gratuite comme Abby ou Indy. Ils peuvent très bien convenir si vous pouvez vous contenter de fonctionnalités basiques.

La question à vous poser est plutôt de savoir combien vaut votre temps d’auto-entrepreneur, de freelance.

Si vous prenez un logiciel de comptabilité gratuit, mais que vous devez y passer 2 jours par mois, combien seriez-vous prêt à payer pour n’y passer que 2 heures par mois ? Et la question reste la même si vous hésitez entre un logiciel à 30 € par mois et un logiciel à 10 € par mois.

Lors du choix de votre logiciel de comptabilité, retenez que :

  • les logiciels de comptabilité gratuits ne sont pas forcément les solutions les plus pérennes (mises à jour, limites d’utilisation, etc) ;
  • ces logiciels ne sont pas toujours 100% gratuits (et souvent limités) ;
  • est-ce qu’un logiciel gratuit est capable de vous accompagner dans votre croissance ?
  • les logiciels payants sont souvent plus avancés techniquement, et font gagner davantage de temps sur votre comptabilité.

Tenez compte de ces éléments lorsqu’il s’agit d’utiliser notre comparatif des logiciels de comptabilité, et ne comparez pas que le prix.

Les évolutions possibles

Si vous êtes auto-entrepreneur, vous savez sans doute qu’il existe plusieurs seuils : un pour le passage en TVA et l’autre pour le statut. Ainsi, si vous dépassez certains seuils de chiffre d’affaires annuel, vous n’aurez d’autres choix que de changer de statut juridique. Or, tous les logiciels ne s’adaptent pas d’un statut à l’autre.

Vous devez donc réfléchir à l’avenir de votre entreprise.

Pensez-vous rester en dessous de ce seuil pour l’année à venir ou au contraire le dépasser ? Si vous n’y réfléchissez pas en amont, vous devrez sans doute être contraint à changer de logiciel plus tard. Pour le coup, c’est une perte de temps qui peut facilement être évitée. Dans ce cas-là, nous vous conseillons d’opter pour un logiciel de facturation évolutif, comme Pennylane ou Axonaut par exemple.

Les avantages d’un logiciel de comptabilité

Voici les 5 principaux avantages à utiliser un logiciel pour faire votre comptabilité :

  1. Efficacité et gain de temps : l’automatisation des tâches de saisie comptable, de génération des livres et des déclarations, mais aussi la gestion de la TVA ou encore des factures vous feront gagner beaucoup de temps.
  2. Moins de risques d’erreurs : l’utilisation d’un logiciel diminue fortement le risque de pertes de données et d’erreurs grâce aux calculs automatiques et aux alertes en cas d’anomalie. Il vous permet d’être en conformité avec la réglementation en vigueur.
  3. Conformité légale et fiscale : les logiciels comptables sont régulièrement mis à jour en fonction des obligations légales et fiscales. Vous avez donc la garantie de tenir une comptabilité conforme et d’être mieux préparer en cas de contrôle fiscal.
  4. Pilotage de votre activité : les outils de suivi, tableaux de bord et indicateurs financiers vous permettent de mieux piloter votre activité en temps réel, et sont ainsi un précieux allié dans la gestion quotidienne de votre micro-entreprise.
  5. Collaboration : que votre comptabilité soit internalisée ou externalisée, les logiciels de comptabilité vous permettent de centraliser les données. La répartition des tâches et la collaboration en sont ainsi facilitées.

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Foire aux questions