Comme toutes les tâches administratives, la facturation est souvent redoutée par les auto-entrepreneurs, freelances et indépendants. Et pourtant, elle est plus qu’essentielle pour le bon fonctionnement de l’entreprise. Alors pour vous simplifier la vie dans l’accomplissement de cette mission (parfois ingrate), il existe des logiciels de facturation parfaitement adaptés à votre statut.
Voici notre sélection des 10 meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneur :
- Abby – Le meilleur pour centraliser toute sa gestion
- Obat – Le meilleur pour les artisans et micro-entreprises du BTP
- Indy – Le meilleur pour gérer sa comptabilité d’indépendant
- Axonaut – Le meilleur pour son CRM intégré
- Evoliz – Le meilleur pour le suivi des factures
- INFast – Le meilleur pour sa simplicité d’utilisation
- Qonto – Le meilleur pour son compte pro en ligne
- Tolteck – Le meilleur pour son utilisation hors ligne
- Costructor – Le meilleur pour son application mobile
- Freebe – Le meilleur pour les déclarations automatisées
Comment choisir son logiciel de facturation ?
Les solutions de facturation sont nombreuses et il est parfois difficile de savoir quel logiciel choisir par rapport à vos besoins. Pour vous aider, voici quelques critères à évaluer pour guider votre choix.
Les fonctionnalités
C’est certainement le plus important et l’un des premiers critères pour choisir son logiciel de facturation pour une micro-entreprise. Vous devez alors vous poser une première question : souhaitez-vous un simple logiciel de facturation ou un outil de gestion ?
Tous les logiciels de facturation pour auto-entrepreneur vous permettent d’éditer des devis et factures, de les envoyer à vos clients, de suivre les paiements, etc. Selon les outils, on peut aussi trouver des fonctionnalités intéressantes comme la signature électronique et le paiement en ligne (INFast), le time-tracking (Abby ou Freebe) ou encore des bibliothèques de prix pour les artisans (que l’on trouve chez Obat notamment).
Ensuite, certains vont plus loin avec des fonctionnalités de gestion plus avancées, notamment liées à la comptabilité ou la gestion de la relation client, voire même des outils marketing. Costructor permet par exemple de créer un site internet.
Si votre objectif est de minimiser le temps passé sur les tâches administratives, choisissez le logiciel le plus complet possible, comme Abby. Listez aussi les fonctionnalités auxquelles vous souhaitez accéder, telles que la gestion client (Axonaut est particulièrement performant), la déclaration URSAFF automatisée (comme Freebe), la synchronisation bancaire ou un compte pro (comme avec Indy ou Qonto), et sélectionnez les outils qui vous le permettent.
Le prix
Le budget est souvent considéré comme le critère de choix principal d’un logiciel de facturation pour beaucoup d’indépendants. Ceci dit, nous pensons sincèrement que la question du budget doit être abordée sur un angle plus large que simplement avec l’objectif de chercher un logiciel de facturation pour auto-entrepreneur pas cher, voire gratuit. L’équation n’est pas si simple, entre le prix du logiciel et le temps passé à l’utiliser.
On trouve des outils gratuits, ou avec une formule gratuite comme Abby, Indy ou Costructor. Ils peuvent très bien convenir si vos besoins sont simples et votre utilisation limitée.
Mais la question à vous poser est plutôt de savoir combien vaut votre temps de freelance, de profession libérale, d’artisan, etc. Si vous optez pour la formule gratuite d’un logiciel de facturation, mais que vous devez y passer 2 jours par mois, combien seriez-vous prêt à payer pour n’y passer que 2 heures par mois ? Et la question reste la même si vous hésitez entre un logiciel à 30 € par mois et un logiciel à 10 € par mois.
Lors du choix de votre logiciel de facturation, retenez que :
- les logiciels de facturation gratuits pour les auto-entrepreneurs ne sont pas forcément les solutions les plus pérennes (mises à jour, limites d’utilisation, etc) ;
- ces logiciels ne sont pas toujours 100% gratuits (et souvent limités) ;
- est-ce qu’un logiciel gratuit est capable de vous accompagner dans votre croissance ?
- les logiciels payants sont souvent plus avancés techniquement, et font gagner davantage de temps sur votre gestion.
Tenez compte de ces éléments lorsqu’il s’agit d’utiliser notre comparatif des logiciels de facturation, et ne comparez pas que le prix.
Les évolutions possibles
Si vous êtes auto-entrepreneur, vous savez sans doute qu’il existe plusieurs seuils : un pour le passage en TVA et l’autre pour le statut. Ainsi, si vous dépassez certains seuils de chiffre d’affaires annuel, vous n’aurez d’autres choix que de changer de statut juridique. Or, tous les logiciels ne s’adaptent pas d’un statut à l’autre.
Vous devez donc réfléchir à l’avenir de votre entreprise.
Pensez-vous rester en dessous de ce seuil pour l’année à venir ou au contraire le dépasser ? Si vous n’y réfléchissez pas en amont, vous devrez sans doute être contraint à changer de logiciel plus tard. Pour le coup, c’est une perte de temps qui peut facilement être évitée. Dans ce cas-là, nous vous conseillons d’opter pour un logiciel de facturation évolutif, comme Evoliz par exemple.
L’utilisation
Il existe deux types de logiciels :
- les logiciels en ligne ;
- les logiciels à télécharger.
Notre préférence se porte sur les logiciels de facturation en ligne, tels que ceux de notre sélection, pour leur modernisme, leur simplicité d’utilisation, leur accessibilité et les mises à jour automatiques. Mais nous savons que ce n’est pas le cas de tout le monde et les logiciels de facturation à télécharger méritent tout autant d’attention.
Le principal est de choisir un outil qui correspond à vos besoins et vos habitudes d’utilisation.
La plupart disposent également d’une application mobile (particulièrement bien faite chez INFast) pour pouvoir accéder à votre logiciel depuis votre smartphone ou votre tablette. C’est pratique, voire indispensable pour ceux qui se déplacent beaucoup.
Enfin, un logiciel de facturation doit avant tout vous faire gagner du temps. Pour cela, assurez-vous de choisir un outil intuitif, ergonomique, facile à prendre en main et à utiliser. L’idéal est de pouvoir tester le logiciel par vous-même afin de vous faire votre propre idée de l’interface et des fonctionnalités.
Vous pouvez en effet profiter de 30 jours d’essai gratuit avec Tolteck, 14 jours d’essai gratuit avec Obat et 15 jours d’essai gratuit chez Axonaut.
Pourquoi utiliser un logiciel de facturation ?
Un logiciel de facturation est-il obligatoire ou même simplement utile ? Voici les arguments qui devraient rapidement finir de vous convaincre de vous équiper.
Les obligations concernant la facturation
En 2025, la réponse reste toujours la même : non, le logiciel de facturation n’est pas obligatoire.
En théorie, vous pouvez donc éditer vos factures d’autres façons, tant qu’elles respectent les obligations en vigueur (facturier papier, modèle, tableur, etc.).
Ceci dit, les obligations liées à la facturation sont exigeantes. En effet, les devis et factures doivent contenir certaines mentions obligatoires, être numérotés correctement ou encore être conservés pendant une durée définie. Les professionnels doivent (ou devront) aussi impérativement éditer des factures électroniques lors d’opérations en BtoB et être capables de recevoir et d’émettre des factures électroniques pour les collectivités et les entreprises.
Alors dans les faits, utiliser un logiciel de facturation est implicitement devenu obligatoire pour beaucoup d’entreprises.
De plus, les évolutions législatives de ces dernières années laissent aussi à penser que l’on tend vers une digitalisation de tous les processus, surtout dans le monde de l’entreprise. Alors, autant trouver votre logiciel de facturation et profiter de tous ses avantages dès maintenant !
Les avantages des logiciels de facturation
L’utilisation d’un logiciel de facturation vous assure tout d’abord de respecter les obligations légales mentionnées ci-dessus. Ce type d’outil contient toutes les fonctionnalités pour vous faciliter la tâche : ajout automatique des mentions légales, numérotation automatique, suppression des documents contrôlée, etc. Par ailleurs, si vous optez pour un logiciel de facturation en ligne, vous bénéficiez automatiquement des dernières mises à jour liées au cadre légal.
Réduire le temps passé à la facturation pour pouvoir se consacrer à son cœur d’activité est le second avantage de ces outils. La plupart des logiciels de devis et facture pour auto-entrepreneur rassemblent de nombreuses fonctionnalités, qui vont souvent au-delà de la simple facturation. Ils vous permettent ainsi de gagner du temps grâce à :
- une automatisation des procédures administratives (déclaration URSSAF, TVA avec Indy ou Abby) ;
- une automatisation des processus : envoi des documents par email, relances des impayés automatiques, etc. ;
- des modèles de devis et factures déjà disponibles (et personnalisables) ;
- la possibilité de créer des catalogues produits/services, des listes de clients/contacts ;
- la signature en ligne et les paiements clients en ligne avec Axonaut, Obat ou Evoliz) ;
- la synchronisation avec la banque pour générer automatiquement les registres de dépenses/recettes.
Le risque d’erreur est ainsi nettement réduit.
Enfin, toutes les données sont centralisées et sécurisées sur un outil dédié. Les logiciels de facturation sont dans l’obligation de respecter des standards extrêmement exigeants en matière de protection des données, de confidentialité et de sécurité. Vous avez donc l’assurance que vos données sont protégées.