Choisir un logiciel de notes de frais n’est plus un simple confort, c’est devenu un véritable levier de productivité et d’économie pour les entreprises. C’est la raison pour laquelle de nombreux entrepreneurs choisissent aujourd’hui une solution pour gérer l’ensemble de leurs dépenses, tant sur le contrôle que le suivi et l’automatisation de la partie comptable. Face à la diversité des solutions disponibles, il peut être difficile d’identifier celle qui correspond le mieux à vos besoins.
Voici notre sélection des meilleurs logiciels de notes de frais en 2025 :
- Wallester – Le meilleur pour ses cartes d’entreprise illimitées
- Cleemy – Le meilleur pour intégrer les notes de frais à la GRH
- Qonto – Le meilleur pour centraliser banque et notes de frais
- Pennylane – Le meilleur pour la gestion financière complète
- Equals Money – Le meilleur pour piloter les dépenses internationales
- Cegid Notilus – Le meilleur pour gérer les dépenses de déplacement
- N2F – Le meilleur pour sa simplicité d’utilisation
- Axonaut – Le meilleur pour centraliser votre gestion
Comment choisir un logiciel de note de frais ?
Plusieurs critères sont à prendre en compte au moment de choisir votre logiciel de notes de frais.
Taille de l’entreprise et utilisateurs
Le choix d’un logiciel de notes de frais dépend d’abord de la taille de votre structure et du nombre d’utilisateurs concernés (collaborateurs, managers, comptables, direction). Les solutions facturent souvent par utilisateur, et certaines exigent un minimum d’abonnés. Ainsi, un indépendant s’orientera vers des logiciels comme N2F, tandis que les grandes entreprises privilégieront les fonctionnalités avancées comme proposées par Cleemy.
Simplicité et évolutivité
La facilité d’utilisation est un critère essentiel, car les profils des utilisateurs diffèrent en termes de compétences numériques. Le logiciel doit être intuitif et accessible. Il doit aussi être flexible et évoluer avec les besoins de l’entreprise, tout l’intérêt des solutions en ligne modernes, fiables et paramétrables.
Fonctionnalités techniques
Des caractéristiques spécifiques peuvent faire la différence :
- mise à disposition de cartes bancaires physiques et/ou virtuelles (comme avec Wallester) ;
- plafonnement des dépenses ;
- gestion des dépenses dans différentes devises (Equals Money)
- création d’alertes ;
- détection automatique de la TVA déductible ;
- enregistrement automatique ;
- export comptable ;
- compatibilité avec vos outils comptables (ou même intégration comptable comme avec Pennylane) ;
- suivi en temps réel ;
- encore gestion de profils utilisateurs différenciés.
Vous pouvez aussi être à la recherche d’autres fonctionnalités, comme la gestion des indemnités kilométriques (comme avec Axonaut par exemple) ou la gestion d’une flotte de véhicules (possible avec Cegid Notilus).
Pour faire le bon choix, commencez par définir précisément vos besoins en termes de fonctionnalités puis sélectionnez plusieurs outils qui y répondent le mieux.
Mobilité et accessibilité
Un logiciel couplé à une application mobile est un atout pour les collaborateurs en déplacement. Cela leur permet de saisir leurs frais à tout moment, sans attendre leur retour au bureau. Tous les logiciels de notre sélection disposent d’une application mobile.
Service client et accompagnement
La prise en main d’un nouvel outil nécessite souvent un accompagnement. Il est donc important de vérifier la qualité du service client (disponibilité, coût, localisation) ainsi que la présence de supports d’aide (tutoriels, forums, démos). Tester le logiciel via une période d’essai gratuite est un bon moyen de se faire une idée. Vous pouvez par exemple bénéficier d’un mois d’essai gratuit avec Qonto.
Budget et retour sur investissement
Si le prix est un critère, il n’est pas le plus déterminant. L’essentiel est d’évaluer le gain de temps et la valeur ajoutée du logiciel. Un abonnement payant peut s’avérer plus rentable qu’une solution gratuite si le retour sur investissement est positif.
Pourquoi utiliser un logiciel de note de frais ?
Gain de temps
L’utilisation d’un logiciel de gestion des notes de frais représente un atout majeur en termes de productivité.
Selon une étude de la Global Travel Association (GBTA), un salarié consacre en moyenne 20 minutes à traiter une seule note de frais. Les solutions automatisées réduisent considérablement ce temps. Grâce à la numérisation des justificatifs par photo ou scan, la saisie manuelle devient inutile. Une étude de Lucca sur 1 300 entreprises utilisatrices de ce type de solution nous apprend qu’un salarié met en moyenne 7 minutes 20 pour gérer ses frais du mois avec un logiciel de note de frais.
Un gain de temps qui bénéficie à toutes les parties prenantes : salariés, dirigeants et comptables.
Économie financière
Au-delà du temps, le traitement manuel des notes de frais représente un coût élevé pour l’entreprise. Selon cette même étude GTBA, il est estimé à 53 € par note en 2015, montant pouvant augmenter en cas d’erreur. Les logiciels réduisent ces erreurs, limitant les dépenses indirectes et optimisant la récupération de TVA déductible grâce à un enregistrement exhaustif et fiable des dépenses.
Simplification et collaboration
La digitalisation fluidifie le processus comptable et favorise un travail collaboratif. Tous les acteurs disposent d’un accès en temps réel aux données, renforçant traçabilité et transparence. Le dirigeant peut identifier et annuler rapidement les frais injustifiés, tandis que le comptable n’a plus besoin de courir après les justificatifs.
Accessibilité et mobilité
Un autre avantage clé est l’accessibilité universelle des données. Les salariés peuvent saisir leurs dépenses depuis un ordinateur, une tablette ou un smartphone, peu importe leur localisation, ce qui est particulièrement pratique lors de déplacements.
Sécurité renforcée
Les logiciels respectent le RGPD et sécurisent les données sensibles. Ils réduisent également les risques de fraude grâce à la détection des doublons et à l’usage de cartes virtuelles pour les paiements. De plus, les informations restent sauvegardées et récupérables en cas de panne ou d’erreur de manipulation.
Une solution écologique
Enfin, en supprimant les formulaires papier et les justificatifs physiques, ces outils permettent de réduire considérablement la consommation de papier, s’inscrivant ainsi dans une démarche plus respectueuse de l’environnement.